Cha: Cẩm Giang vương Lê Sùng (錦江王黎漴 ? - 1509), bị Lê Uy Mục giết hại. Về sau được truy phong Minh Tông Triết Hoàng đế (明宗哲皇帝).
Mẹ: Trịnh Thị Loan (鄭氏鸞 ? - 1527), được tôn làm Hoàng thái hậu vào năm 1517. Bà chết cùng ngày với Cung Hoàng. Về sau tôn phong làm Đoan Mục Triết Hoàng hậu (端穆慈哲皇后).
Hậu phi:
Quý phi Nguyễn thị (贵妃阮氏), người xã Đa Ngưu, huyện Văn Giang, con gái Thông quốc công Nguyễn Thì Ung. Lê Cung Hoàng lên ngôi, đưa vào cung phong làm Quý phi. Bà cùng với Cung Hoàng bị Mạc Đăng Dung giam lại rồi phế truất ở Tây cung. Khi Mạc Đăng Dung cắt giảm không cho ăn uống, Thông quốc công cáo bệnh và rước con gái về, nhưng bà từ chối. Bà nói: Cha ta trăm tuổi đã có anh em; ta hầu vua thì sống chết với vua, không có lý gì mà bỏ về. Cứ như thế, cha bà phải sai nữ hầu bắt bà lên võng. Bà khóc to, những người trông thấy đều thương cảm. Bà về tới nhà, không chịu ăn uống gì rồi chết.
Quý phi Đào thị (贵妃陶氏), con gái Lỵ quốc công Đào Đại La, vào cung cùng Nguyễn Quý phi và được phong Quý phi cùng cấp. Khi Lê Cung Hoàng bị giam, bà cũng bị giam theo, Lỵ quốc công hoảng hốt cáo bệnh và đón con gái về.
